到19世紀(jì)末，帝國(guó)主義的威脅成為了中心-邊疆關(guān)系中的最為復(fù)雜的因素。對(duì)清朝在東亞霸權(quán)的挑戰(zhàn)自然始于邊疆地區(qū)，這一過(guò)程與地中海地區(qū)的奧斯曼帝國(guó)所經(jīng)歷的過(guò)程是相似的。在清朝世界秩序的外圍是清朝的朝貢國(guó)：這些視滿洲皇帝為天子的國(guó)家定期朝貢，以換取皇帝對(duì)其統(tǒng)治者權(quán)力的認(rèn)可。而這些國(guó)家最先脫離或是落入其他大國(guó)的控制，例如越南被納入法屬印度支那，琉球群島和朝鮮為日本帝國(guó)控制，最終并入日本。隨后，內(nèi)緣又受到威脅。1895年，近海的臺(tái)灣島落入日本之手。在1904-1905年的日俄戰(zhàn)爭(zhēng)后，兩個(gè)大國(guó)簽署協(xié)議，承認(rèn)俄國(guó)在蒙古和東北的北部（中東鐵路在那里與跨西伯利亞鐵路相連通往符拉迪沃斯托克）的主要利益，而日本則宣稱東北的南部和相鄰的內(nèi)蒙古部分是其勢(shì)力范圍。由于擔(dān)心俄國(guó)在北面控制中亞，英國(guó)因而尋求在西藏獲得更大影響以保護(hù)英國(guó)在印度的地位。1903-1904年，榮赫鵬的遠(yuǎn)征軍被派往拉薩，對(duì)清朝在那里的主權(quán)形成了嚴(yán)重的軍事挑戰(zhàn)。
清朝的反應(yīng)可想而知：它試圖加強(qiáng)中央政府對(duì)外圍的控制權(quán)。但這種行為從根本上對(duì)內(nèi)地通過(guò)省、縣行政機(jī)構(gòu)進(jìn)行直接統(tǒng)治和邊疆通過(guò)民族精英實(shí)行間接統(tǒng)治二者之間已經(jīng)確定起來(lái)的差異形成了挑戰(zhàn)。如上所述，新疆在1884年建省。為了遏制俄國(guó)和日本在東北的陰謀，1907年，清朝又設(shè)立了新的東三省總督府，并任命了東三省巡撫；漢族官員在這里竭力推行了積極的經(jīng)濟(jì)、政治和軍事現(xiàn)代化計(jì)劃。 因此，清朝的故土不再是一個(gè)特殊地域，而是被整合進(jìn)了內(nèi)地的行政體制中。也有人建議清朝在蒙古和西藏建省，但是清朝并不準(zhǔn)備在這些地方過(guò)快地做出類似變動(dòng)。不過(guò)，清廷確實(shí)在漢族農(nóng)民人口眾多的內(nèi)蒙古一些地方建立起了一些新的縣。此時(shí)，清朝禁止?jié)h人向這些邊疆地區(qū)進(jìn)行移民的命令已經(jīng)完全失敗。和以前試圖阻止?jié)h人移民邊疆完全相反，此時(shí)的清廷則積極鼓勵(lì)漢人移民。清廷對(duì)蒙古的土地和資源進(jìn)行了調(diào)查，并建立政府機(jī)構(gòu)來(lái)促進(jìn)移民。同時(shí)，清廷還廢除了禁止?jié)h人和蒙古人通婚的法律。雖然多數(shù)漢族移民去了東北和內(nèi)蒙古，但是，在清末的外蒙古也有大量的漢族農(nóng)業(yè)移民。這些新來(lái)者并不怎么尊重當(dāng)?shù)氐木用瘛Ｓ靡晃坏酵饷晒诺挠?guó)游客的話來(lái)說(shuō)：“漢人的優(yōu)越感是非常明顯的，好像他們希望讓所有的人都知道，他們才是主導(dǎo)民族。俄國(guó)人和蒙古人幾乎親如兄弟，但是中國(guó)游人對(duì)待俄國(guó)人幾乎和對(duì)待可憐的蒙古人一樣缺乏善意。”
在清朝統(tǒng)治的最后幾年，清朝政府將其新政改革也推向了邊疆地區(qū)。最引人關(guān)注的努力發(fā)生在外蒙古的烏蘭巴托。滿洲官員在那里建立了一個(gè)新兵訓(xùn)練機(jī)構(gòu)，作為邊疆地區(qū)蒙古軍隊(duì)的基礎(chǔ)。清朝還在這里建立起了警察培訓(xùn)、公共衛(wèi)生、商貿(mào)、農(nóng)業(yè)、經(jīng)濟(jì)發(fā)展和對(duì)外關(guān)系的機(jī)構(gòu)。另外，和清朝改良的現(xiàn)代化進(jìn)程相同，還建立起了一所教育新的蒙古族精英的學(xué)校。但是，由于費(fèi)用高昂，遭致了當(dāng)?shù)厝说牟粷M。此外，烏蘭巴托保守的宗教機(jī)構(gòu)也并不完全歡迎這些外來(lái)的干擾。藏傳佛教僧人和漢族商人及政府機(jī)構(gòu)之間的沖突成為緊張局勢(shì)的重要源頭。
在蒙古也出現(xiàn)了類似的情況，因?yàn)樾抡母锏那謹(jǐn)_，致使蒙古人甚至在辛亥革命之前就想獨(dú)立。如同西藏，這一次宗教領(lǐng)袖起了重要的作用，同時(shí)也尋求外部力量來(lái)幫助蒙古實(shí)現(xiàn)自治的愿望。當(dāng)時(shí)，內(nèi)外蒙古不同群體的領(lǐng)袖聚集在蒙古人的宗教領(lǐng)袖“活佛”哲布尊丹巴呼圖克圖那里，并于1911年7月派代表團(tuán)到圣彼得堡尋求俄國(guó)的支持。他們?cè)谙蛏郴侍岢龅恼?qǐng)?jiān)笗?shū)中強(qiáng)調(diào)了藏傳佛教對(duì)蒙古人的重要性，提出他們“以前遵從于滿洲大汗，因?yàn)樗麄儯M洲人）敬仰佛教并傳播佛的庇佑”。“但近年來(lái)，中國(guó)（原文如此）的高層官員已經(jīng)非常強(qiáng)大，并開(kāi)始干涉我們的事務(wù)。最糟糕的是他們打著‘新政’的旗號(hào)，占領(lǐng)土地用以開(kāi)墾，破壞了我們的舊俗。”蒙古人的抱怨主要是針對(duì)“新政”改革和不斷增加的漢族移民，而感覺(jué)到其宗教遭到威脅則是一個(gè)重要的推動(dòng)因素。因此，他們呼吁俄國(guó)人給予支持：“正如我們所知，在國(guó)際先例中，任何弱小國(guó)家都可以依賴強(qiáng)大的國(guó)家實(shí)現(xiàn)獨(dú)立。”
如前所述，辛亥革命爆發(fā)之前，西藏和蒙古都已經(jīng)準(zhǔn)備宣稱獨(dú)立。其他邊疆地區(qū)的情況則有所不同。東北三省那時(shí)大多由漢人占據(jù)。在新疆，由于18世紀(jì)以來(lái)清帝一直鼓勵(lì)貿(mào)易和漢人移民以發(fā)展邊疆經(jīng)濟(jì)，所以“漢化”的過(guò)程一直都未中斷。也許更重要的是，這些地區(qū)也是完全融入中國(guó)行省和地方行政機(jī)構(gòu)的地區(qū)。但在西藏和蒙古，世襲貴族和經(jīng)濟(jì)實(shí)力豐厚并擁有廣泛支持的寺院，以及其中具有強(qiáng)大勢(shì)力的黃教機(jī)構(gòu)為那些想要建立新國(guó)家的人們提供了相對(duì)的有利條件。
在西藏，辛亥革命起初引發(fā)了部分清軍反抗清朝駐藏大臣的兵變，隨后，西藏人成功地將中國(guó)軍隊(duì)驅(qū)逐出去，而這些中國(guó)軍隊(duì)也并不情愿待在這個(gè)遙遠(yuǎn)且環(huán)境惡劣的邊防哨所。流亡歸來(lái)的達(dá)賴?yán)镄家郧澳欠N維系和滿洲皇帝的供施關(guān)系終結(jié)，西藏從此將獨(dú)立。盡管在整個(gè)民國(guó)期間，西康地區(qū)的漢人和藏人不斷發(fā)生小規(guī)模的沖突，但是中部藏區(qū)事實(shí)上建立了獨(dú)立的政體，并一直持續(xù)到1950年。在蒙古，當(dāng)武昌起義的消息傳到烏蘭巴托之后，獨(dú)立運(yùn)動(dòng)領(lǐng)袖宣布博格達(dá)·哲布尊丹巴呼圖克圖為蒙古國(guó)大汗。他們的立場(chǎng)非常明確：蒙古從屬于清朝，如今是中國(guó)人起來(lái)反抗清朝，蒙古應(yīng)恢復(fù)其獨(dú)立地位。正如一群貴族所言：“最初蒙古并非中國(guó)一部分，但是因?yàn)橐婚_(kāi)始追隨了清王室，故極感王室之恩。而蒙古與中國(guó)之間完全沒(méi)有聯(lián)系。如今清廷遭到摧毀，蒙古與中國(guó)并沒(méi)有天然的聯(lián)系，所以蒙古應(yīng)該獨(dú)立。”另一部分人的說(shuō)法更接近現(xiàn)代國(guó)家的自決：“我們蒙古人擁有同中國(guó)人不同的習(xí)俗、語(yǔ)言和文學(xué)作品。我們蒙古和中國(guó)的文化差距就像天、地的距離那樣大。” 當(dāng)中國(guó)革命軍反滿暴力行動(dòng)的消息傳到蒙古時(shí)，蒙古領(lǐng)袖更加確定在漢人控制的中華民國(guó)中并沒(méi)有蒙古的位置。此時(shí)蒙古的新議會(huì)發(fā)誓要“保護(hù)我們的種族，保護(hù)我們的宗教，還要保護(hù)我們的領(lǐng)土完整”。
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